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参考資料と備忘録 - My Note
分子構造描画 - Molecular Structure Rendering
分子構造エディタ
Select
Bond
Move
描画 / 読み込み
MOL/SDF読み込み
移動モード: OFF
原子番号表示: OFF
Ready
編集後XYZをコピー
編集後XYZをダウンロード
MOLをコピー
SDFをDL
Undo
Redo
選択解除
全選択
全解除
反転
元素で選択…
H
C
N
O
F
P
S
Cl
Br
I
適用
Style:
Stick & Ball
Stick
Wire (Line)
Van der Waals (Sphere)
操作:
クリック
=選択 / 空白
左ドラッグ
=回転 / 空白
右ドラッグ
=矩形選択 / 原子
ドラッグ
=移動 /
Shift
+ドラッグ=Z方向 /
1
2
3
=結合次数 /
Ctrl
+
A
=全選択 /
Ctrl
+
E
=選択拡大 /
Ctrl
+
W
=分子全体 /
B
=結合 /
Delete
=削除
結合編集
単結合
二重結合
三重結合
共有結合
配位候補
水素結合
選択2原子を結合
選択結合を更新
選択結合を削除
推定結合を再計算
#
A1
A2
Order
Type
Source
Sel
座標拘束 / 幾何編集
距離(2原子)
適用
測定
角度(3原子)
適用
測定
二面角(4原子)
適用
測定
-
原子の追加 / 削除
元素
H
C
N
O
F
P
S
Cl
Br
I
Si
B
Li
Na
K
Mg
Al
Ca
Fe
Cu
Zn
追加位置の基準
選択原子の近く
原点付近
座標を指定
X
Y
Z
距離(nearSelected用)
原子を追加
選択原子を削除
原子団(XYZ貼付)を追加
H
C
N
O
F
P
S
Cl
Br
I
Si
B
Li
Na
K
Mg
Al
Ca
Fe
Cu
Zn
選択原子の元素を変更
原子リスト
#
Elem
X
Y
Z
Sel
Mode: Select
Blank L-drag: rotate / Blank R-drag: box select / Ctrl+A/E/W when focused
補足: - 入力が「座標行のみ」でも自動でヘッダー補完して読み込みます。
- 原子の追加/削除は MoleculeState を更新し、XYZとして再描画します(確実性優先)。
- 表示はMoleculeStateを直接描画するCanvasレンダラです。原子/結合クリック編集に対応します。
原子団(XYZ)を追加
XYZ(ヘッダー有/無どちらでもOK)を貼り付け → オフセットを指定 → 追加。 nearSelected の場合は選択原子付近に配置します。
配置
選択原子へアンカー結合
選択原子の近く
オフセット(原点基準)
スケール
Offset X
Offset Y
Offset Z
フラグメント側アンカー番号
接続距離
接続結合次数
単結合
二重結合
三重結合
ランダム微小ずらし
キャンセル
追加