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分子構造描画・編集(工事中)
描画 / 読み込み
移動モード: OFF
原子番号表示: OFF
Ready
編集後XYZをコピー
編集後XYZをダウンロード
Undo
Redo
選択解除
全選択
全解除
反転
元素で選択…
H
C
N
O
F
P
S
Cl
Br
I
適用
Style:
Stick & Ball
Stick
Wire (Line)
Van der Waals (Sphere)
操作:
クリック
=選択 /
Ctrl
+クリック=追加選択 /
ドラッグ
=移動(移動モードON時) /
Shift
+ドラッグ=Z方向 /
Delete
=選択原子を削除
原子の追加 / 削除
元素
H
C
N
O
F
P
S
Cl
Br
I
Si
B
Li
Na
K
Mg
Al
Ca
Fe
Cu
Zn
追加位置の基準
選択原子の近く
原点付近
座標を指定
X
Y
Z
距離(nearSelected用)
原子を追加
選択原子を削除
原子団(XYZ貼付)を追加
H
C
N
O
F
P
S
Cl
Br
I
Si
B
Li
Na
K
Mg
Al
Ca
Fe
Cu
Zn
選択原子の元素を変更
原子リスト
#
Elem
X
Y
Z
Sel
補足: - 入力が「座標行のみ」でも自動でヘッダー補完して読み込みます。
- 原子の追加/削除は atoms 配列を更新し、XYZとして再描画します(確実性優先)。
- “結合編集”は 3Dmol 側の自動推定に任せています(必要なら後で拡張できます)。
原子団(XYZ)を追加
XYZ(ヘッダー有/無どちらでもOK)を貼り付け → オフセットを指定 → 追加。 nearSelected の場合は選択原子付近に配置します。
配置
選択原子の近く
オフセット(原点基準)
スケール
Offset X
Offset Y
Offset Z
ランダム微小ずらし
キャンセル
追加