やったこと
① Anaconda3をwindowsにインストール
② Anaconda3上でPython3.7系の仮想環境を構築
③ 仮想環境でRDKitをインストール
環境： windows 10（ノートPC）
① Anaconda3をwindowsにインストール
Anaconda3を導入するメリット :
RDKitを動かすのに必要な諸々のパッケージがまとまっていて、個々のパッケージを導入するよりも労力が小さくて済む。
…というわけで公式サイトからwindows用の.exeファイルをダウンロードし、以下の点に注意して実行します。
- Add Anaconda to the system PATH environment variable は推奨されていないようなので、チェックを外してインストールする（既存のPythonとの競合を防止）
- パス名は日本語を含まないように注意
その他のインストールの詳細については解説記事が無数にあるので、どれかを参考にして入れて下さい。
基本的には [Next] 連打でOKです。
※インストールには結構時間が掛かりました。（1時間弱くらい？）
※パスを通さないとそのままでは動かないので注意。私の場合、システム環境変数の "Path" に以下のパスを追加しました。
anaconda3を置く場所はインストール時に指定可能
C:\Users(user名)\anaconda3
C:\Users(user名)\anaconda3\Scripts
C:\Users(user名)\anaconda3\Library\bin
C:\Users(user名)\anaconda3\Library\mingw-w64\bin
Anacondaが正しく導入されているかどうかは `conda --version` などで確かめられます。
# ② Anaconda3上でPython3.7系の仮想環境を構築
しかしこのままではRDKitは使えません。なぜなら、`conda` で導入できるRDKitはPython3.8系には対応していないからです😅。
（参考：[**RDKit をインストールできなかったり import できなかったりしたときの対処法まとめ (Anaconda ユーザー向け)**]
(https://datachemeng.com/rdkit_install_import)）
そこで、Python3.7系の仮想環境を構築することにします😤。
`conda create --name myenv python=3.7` をコマンドプロンプトで実行して仮想環境（Python 3.7.10）を新規作成。
（参考：[**Anaconda3 コマンドまとめ**](https://qiita.com/WestRiver/items/cce9c99076d59abd3f69)）
```:Python3.7系の仮想環境を構築
C:\Users\(user名)> conda create --name myenv python=3.7
※仮想環境の名前は何でもよい（今後さらに仮想環境が増えるなら「py37」とかの方が分かりやすいかも？）。
※私のPCでは仮想環境の構築に10分以上要しました。
※conda activate myenvを実行してもCommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.と出てエラーになる場合はコマンドプロンプトを再起動する。
（C:\Users\(user名)\anaconda3\etc\profile.dにあるシェルスクリプトは特に変更していません）
conda activate myenv で仮想環境「myenv」を起動すると入力待ちが以下のように変わります。
(myenv) C:\Users\(user名)>
conda deactivateで仮想環境を終了できます。
③ 仮想環境でRDKitをインストール
以下のコマンドをコマンドプロンプトで実行して仮想環境でRDKitをインストール。
conda install -y -c rdkit rdkit
※RDKitのインストールには30分ほど要しました。
Pythonを対話型で起動して import rdkit がエラーにならなければ導入できています。お疲れ様でした。
おまけ
もう少し遊びたい人は、以下の3行を入力してみて下さい。トルエン骨格のxyz座標がMolBlock形式で出力されます。
>>> from rdkit import Chem
>>> m = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1')
>>> print(Chem.MolToMolBlock(m))
RDKit 2D
7 7 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
3.0000 0.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.5000 0.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.7500 -1.2990 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-0.7500 -1.2990 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-1.5000 0.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-0.7500 1.2990 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.7500 1.2990 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 2 1 0
2 3 2 0
3 4 1 0
4 5 2 0
5 6 1 0
6 7 2 0
7 2 1 0
M END
>>>
仮想環境で.pyファイルを実行すればRDKitを使うスクリプトが実行できます。