以前、RDkitという化学系ライブラリを使用するためにPython3.7系の仮想環境を作成しました（RDkitがPython3.8以上に対応していないため）。このような仮想環境下でAtomエディタから直接スクリプトを実行する方法を調べたのでメモしておきます。

Python: 3.8.8 (Anaconda3で導入)
(RDkit用の仮想環境のPythonは 3.7.11)
OS: Windows 10
エディタ: Atom ("script" パッケージ導入済み)

※ここでは既にRDkit用の仮想環境が準備できているものとします。仮想環境を構築する方法については過去のエントリを参考にして下さい。

https://qiita.com/h-nabata/items/c1d16471bda6735a5d8a

手順

①　Anacondaパッケージに同梱されている「Anaconda Prompt」を起動

②　Anaconda Promptでactivate [仮想環境名]を実行して仮想環境を起動

環境一覧を取得したいときはconda info -eで表示できます。

# conda environments:
#
base                  *  C:\Users\[ユーザー名]\anaconda3
rdkitenv                 C:\Users\[ユーザー名]\anaconda3\envs\rdkitenv

ここでは仮想環境を rdkitenv という名前にしてあります。

③　Anaconda Promptでatomを実行してAtomエディタを起動

コマンドプロンプトで起動してもOKです。

④　スクリプトを実行

Atomに "script" パッケージを導入済みであれば「Ctrl + Shift + B」で実行できます。

問題が無ければ以下のプログラムが動くはずです。

from rdkit import Chem
import sys

print(sys.version_info)
# sys.version_info(major=3, minor=7, micro=11, releaselevel='final', serial=0)

# 周期表の取得（インスタンス化）
pt = Chem.rdchem.GetPeriodicTable()

# 1 ~ 9 番目までの元素記号を表示
for i in range(1,10):
    print(Chem.PeriodicTable.GetElementSymbol(pt, i))
# H
# He
# Li
# Be
# B
# C
# N
# O
# F

私のRDkit用の仮想環境 rdkitenv のPythonのバージョンは3.7.11なので、意図した環境で実行できていることが分かります。

後記

以上のことは単純に「仮想環境からAtomを起動することで仮想環境のバージョンのPythonが使われる」という理解で良いかと思います。私が知らないだけで実は常識だったのかは分かりませんが、参考になる日本語の記事を上手く見つけられなかったので個人的にまとめてみた次第です。